Hiện nay, thủy tùng có nguy cơ tuyệt chủng trong tự nhiên vì bị khai khác quá mức để làm đồ mỹ nghệ do gỗ không bị mối mọt, cong vênh, thớ...
Cây thủy tùng là cây đặc hữu được xếp vào diện cần bảo vệ và hiện nay chỉ còn vài nước và Việt Nam còn tồn tại loại cây này.