Căn cứ vào kết quả điều tra, các chứng cứ, hồ sơ, tài liệu thu thập theo quy định pháp luật, Viện KSND tỉnh Gia Lai đã ra cáo trạng, quyết định truy tố bị can Nguyễn Công Chính (tên gọi khác là Nguyễn Thành Long, 43 tuổi, thường trú tại tổ 10, phường Hoa Lư, TP Pleiku) về tội phá hoại chính sách đoàn kết, theo Điều 87 BLHS nước CHXHCN Việt Nam.
Theo cáo trạng, Nguyễn Công Chính là đối tượng có những hoạt động chống lại Nhà nước và nhân dân có hệ thống. Mặc dù đã được chính quyền nhắc nhở, giáo dục, xử phạt hành chính và đưa ra kiểm điểm nhiều lần trước nhân dân, nhưng Nguyễn Công Chính vẫn không sửa chữa, mà ngày càng hoạt động phức tạp, manh động và bất chấp pháp luật. Ngày 28/4/2011, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Gia Lai đã bắt giữ Nguyễn Công Chính cùng với nhiều tài liệu và công cụ, phương tiện liên quan đến hành vi hoạt động phạm tội của bị can. Theo kết quả giám định đã kết luận 19 tài liệu của Nguyễn Công Chính có nội dung tuyên truyền chống phá Nhà nước Việt Nam.
Bắt đầu từ tháng 10/2004, sau khi chuyển gia đình từ Kon Tum về TP Pleiku, Gia Lai sinh sống, Nguyễn Công Chính tự xưng mình là “Mục sư phụ trách vùng cao nguyên của Tin lành Mennonite” và dùng nhiều chiêu thức quái đản để lôi kéo người dân tộc thiểu số theo y hành động sai trái.
Cơ quan ANĐT Công an Gia Lai thực hiện lệnh bắt giam bị can Nguyễn Công Chính.
Cụ thể tại làng Prông Goay, xã Ia Pết, huyện Đak Đoa, Gia Lai, Nguyễn Công Chính đã tập hợp hàng trăm người la hét, nhảy múa, đốt sách vở của con em họ và đập phá bàn ghế… suốt 3 ngày đêm, mà theo họ là để “thông công gặp Chúa và đuổi tà ma” dẫn đến việc nhiều người phải nhập viện trong tình trạng hoảng loạn về tâm thần và kiệt sức. Việc làm sai trái đó của Nguyễn Công Chính đã bị nhân dân và tín đồ các tôn giáo chân chính kịch liệt lên án. Từ năm 2004 đến 2011, Nguyễn Công Chính còn soạn thảo nhiều văn bản có nội dung tuyên truyền chia rẽ giữa chính quyền với nhân dân, xuyên tạc tình hình trong nước, vu cáo chính quyền với nhiều nội dung sai sự thật rồi đem tán phát trên mạng Internet và gửi cho các tổ chức quốc tế, các tổ chức phi chính phủ, báo, đài nước ngoài, nhằm gây chia rẽ giữa các tầng lớp nhân dân, giữa nhân dân với chính quyền, lực lượng vũ trang và ảnh hưởng xấu đến đời sống xã hội.
Cơ quan Công an còn chứng minh, Nguyễn Công Chính đã liên hệ, câu kết với các đối tượng cơ hội chính trị trong và ngoài nước lập ra nhiều tổ chức, hội nhóm tôn giáo bất hợp pháp, nhận sự tài trợ của các tổ chức phản động lưu vong và tham gia tích cực vào các tổ chức phản động nhằm chống phá Nhà nước, phá hoại chính sách đoàn kết. Năm 2008, Nguyễn Công Chính liên kết với Y Hin Niê, đối tượng FULRO lưu vong ở Mỹ lập ra cái gọi là “Hội thánh liên hữu Tin lành Đấng Christ Việt Nam” do Y Hin Niê làm Tổng liên hội, Chính làm phó và phân công cho một số đối tượng khác trong nước làm tay chân.
Thực chất tổ chức bất hợp pháp này chỉ là bình phong để Nguyễn Công Chính kiếm tiền tài trợ từ bên ngoài và che giấu hoạt động phản động của mình. Không chỉ vu cáo gây chia rẽ giữa nhân dân với chính quyền, lực lượng vũ trang, mà Nguyễn Công Chính còn có nhiều hoạt động phản động hết sức thâm độc nhằm gây thù hằn, kỳ thị, xâm phạm quyền bình đẳng trong cộng đồng các dân tộc Việt Nam. Những thông tin vu khống bịa đặt của Chính còn gây ra sự hiểu lầm và ngộ nhận của một số quốc gia trên thế giới về tình hình nhân quyền và chính sách tôn giáo ở Việt Nam. Vì vậy, hành vi phạm tội của Nguyễn Công Chính là đặc biệt nguy hiểm cho xã hội, xâm hại đến khối đại đoàn kết dân tộc, gây mất lòng tin của nhân dân đối với Nhà nước, gây bất ổn tình hình an ninh chính trị tại địa phương, gây chia rẽ giữa những người cùng hoạt động tôn giáo, giữa các tầng lớp nhân dân với chính quyền, với lực lượng vũ trang, gây chia rẽ kỳ thị giữa các dân tộc, phá hoại chính sách đoàn kết quốc tế.
Hành vi ấy của Nguyễn Công Chính là vi phạm nghiêm trọng pháp luật, được quy định trong Bộ luật Hình sự nước Cộng hòa xã hội Chủ nghĩa Việt Nam, nên cần phải xử lý nghiêm minh theo quy định của pháp luật, để giữ vững kỷ cương phép nước.
Vụ việc về cái chết của Thạch Thanh Nô người dân tộc Khmer ở ấp Tha La, xã Ngọc Biên, huyện Trà Cú, tỉnh Trà Vinh là một ví dụ. Thạch Thanh Nô là một phật tử, ngày 4/4/2009, sau khi tham gia huấn luyện dân quân tự vệ ở địa phương, Nô uống rượu say và bị tai nạn giao thông chết trên đường về. Thế nhưng, khi nghe tin này Nguyễn Công Chính đã chỉ đạo đồng bọn tung tin, gửi thông báo cho một số cơ quan đại diện ngoại giao nước ngoài, các tổ chức tôn giáo vu cáo Công an, du kích đánh chết Thạch Thanh Nô vì sinh hoạt tôn giáo.
Nguyễn Công Chính còn liên tiếp vu cáo, xuyên tạc trên một số phương tiện thông tin đại chúng ở nước ngoài và trên mạng Internet về tình hình và chính sách tôn giáo ở Việt Nam. Hành vi của Nguyễn Công Chính không những vi phạm pháp luật mà còn trái với tôn chỉ, mục đích của các tôn giáo, gây chia rẽ người theo tôn giáo với người không theo tôn giáo, chia rẽ các tín đồ tôn giáo với chính quyền nhân dân, với các tổ chức xã hội hợp pháp.